Отделението по инфекциозни болести притежава II-ро ниво на компетентност и в него се извършва диагностика и лечение на остри и хронични менингити, менингоенцефалити и миелити при лица над 18 години. Провежда се лечение също на остро протичащи чревни инфекции, остър вирусен хепатит А, Е, B, C и D, паразитози, покривни инфекции, вирусни и бактериални заболявания и вирусни хеморагични трески.
Структурата притежава нова и модерно оборудвана база и тук са налице всички условия за изолация на пациентите по диагнози. Отделението разполага с 20 болнични легла.